朝廷对于高层次的学术文化教育，始终抱着一种矛盾心理：有时会真心诚意地褒奖、赏赐、题匾；有时又会怀疑这一事业中是否会有知识分子“倡其邪说，广收无赖”，最终构成政治上的威胁。因此，历史上也不止一次地出现过由朝廷明令“毁天下书院”、“书院立即拆去”的事情。（参见《野获编》、《皇明大政纪》等资料）